CEC的毛細管柱主要有3種類型：填充柱、開管柱和整體柱。填充柱是發展zui快使用zui多的一類，95％的據報道都是使用填充柱進行分析，靈敏度高，重現性好。但填充柱需要在柱尾制作塞子，由此帶來柱塞效應，引入了非均勻性因子引起氣泡的產生，進而使譜帶展寬。同時，塞子的制備具有一定的難度，條件控制不好將影響填充的均勻性，孔隙若太大流動相滲出，太小則易被污染甚至被樣品中的“臟物”阻塞。開管柱雖沒有塞子問題，固定相均勻，可使用較高的電壓，但相比小，柱容量低，檢測困難。整體柱不需要封口，避免了塞子制作的困難以及產生的氣泡問題，且具有更好的多孔性和滲透性，即具有流動相的流通孔又有便于溶質進行傳質的中孔，利于實現生物大分子的快速分離。

    溶膠-凝膠技術是指溶膠的凝膠化過程，光聚合法制備溶膠凝膠整體柱有許多優點，如可控制孔徑，柱滲透性好，低溫制備避免柱體變形，柱效高等。光聚合整體柱的進一步修飾，對于生物大分子而言具有更強的分析能力。Kato等采用兩種方法修飾光聚合溶膠-凝膠整體柱，分離氨基酸混合物。一是與二甲基十八烷基氯硅烷反應，二是與二甲基十八烷基氯硅烷反應后，用氯*基硅烷進行封端反應。為提高檢測靈敏度，將氨基酸衍生化，4-氟-7-硝基-2，1，3苯并二唑為熒光試劑。用第二種方法修飾的封端整體柱在流動相為 50 mmol·L^-1醋酸銨（pH2.5）-水-乙腈（1:1:8）條件下，天冬氨酸、苯丙氨酸、異亮氨酸、亮氨酸、丙氨酸在7 min內得到了很好的分離，柱效在每米58000～105000，亮氨酸與異亮氨酸具有相同的相對分子質量，在此條件下也得到了很好的分離。而使用未封端的整體柱由于吸附氨基酸，柱效比封端柱低 50％～67％。

    微型化是未來分析儀器的發展方向，由于微芯片具有分析速度快，攜帶方便等優點越來越受到人們的關注，學者們已開始將整體柱制備技術應用于微芯片中。Daniel等將丙烯酸酯有機整體柱通過光聚合作用蝕刻到微芯片通道中作為固定相分離肽和氨基酸。整體柱技術與微芯片技術的結合將為生物大分子的分離分析帶來極大的便利。